Только в 2002 году в столицу Башкирии вернулась большая игра. Вторая лига, зона «Урал» и новый «Строитель». Новый дебютный сезон можно назвать успешным — «Строитель» стал пятым. В следующем сезоне, после объединения зон «Поволжье» и «Урал» и более серьёзной конкуренции, уфимцы, сменившие название на «Нефтяник» закончили чемпионат на 9-й строчке турнирной таблицы.

Дальше-лучше – следующие два сезона в шестёрке лучших. Но о повышении в классе не было и речи. Екатеринбургский «Урал», челнинский «КАМАЗ», «Лада» Тольятти и, кстати, «Содовик» из Стерлитамака – вот с какими командами приходилось бороться и бой был неравным. Однако новость о расформировании команды после 5-го места в сезоне 2005 года была громом среди ясного неба. 3 года без большого футбола и новый рывок. ФК «Башинформсвязь-Динамо» заявилось на сезон 2009-го года и финишировал 9-м. Через год 10-е место и последующая реорганизация с переименованием клуба в ФК «УФА».

Новая команда заняла в чемпионате 2-е место, набрав одинаковое количество очков с чемпионом – нижнекамским «Нефтехимиком». Место в ФНЛ  из зоны «Урал-Поволжье» было только одно, но брянское «Динамо» не прошло лицензирование и их место досталось команде из Уфы. В ФНЛ  ФК «УФА» провёл всего два сезона. Заняв по итогам сезона 2013-14 4-е место, ФК «УФА» вышел в переходные игры. Соперником была «Томь». 18 мая на стадионе «Динамо» состоялась первая игра. Итог невероятный – 5-1, покер Голубова и почти решённая задача по сумме двух матчей. «Томь» выиграла ответный матч со счётом 3-1, но этого было мало. ФК «УФА» впервые в истории поднялся в Премьер-лигу. Сейчас уфимская команда проводит там уже свой третий сезон.

Первые два прошли тяжело и команда оба раза едва цеплялась за 12-е место, сохраняющее право играть в Премьер-лиге, минуя стыковые матчи. Нынешний сезон ФК «УФА» пока лучший. Команда уже набрала 25 очков, что всего на два меньше, чем в прошлом году, а впереди ещё целых 13 матчей и зона Лиги Европы гораздо ближе зоны вылета.